Współpraca z Wydziałem Inżynierii Chemicznej i Procesowej
Od roku 2022/2023 rozpoczęliśmy współpracę z Wydziałem Inżynierii Chemicznej i Procesowej Politechniki Warszawskiej.

Patronat Wydziału Biologii i Nauk o Środowisku Uniwersytetu Kardynała Stefana Wyszyńskiego
Szkoła została objęta patronatem od 2022 roku.

Klasa Patronacka (Prawnicza)
Od roku szkolnego 2017/2018 klasa prawnicza XLI LO została objęta opieką dydaktyczną przez Wydział Prawa i Administracji Uniwersytetu Warszawskiego.

Klasy Patronackie (współpraca z SGH)
Od roku szkolnego 2021/2022 dwujęzyczne klasy z rozszerzonym programem nauczania geografii oraz matematyki zostały objęte patronatem Szkoły Głównej Handlowej w Warszawie i zostały włączone do programu Akademickiej Klasy SGH.

Klasy Patronackie (o profilu ścisłym i przyrodniczym)
Od 2022 roku klasy o profilu ścisłym i przyrodniczym XLI LO zostały objęte opieką dydaktyczną i naukową przez Wydział Inżynierii Chemicznej i Procesowej Politechniki Warszawskiej.

Współpraca z Uczelnią Techniczno-Handlową im. Heleny Chodkowskiej w Warszawie
10 marca 2025 roku nasza szkoła rozpoczęła współpracę z Uczelnią Techniczno-Handlową im. Heleny Chodkowskiej w Warszawie.
Podczas XVI Ogólnopolskiej Konferencji Naukowej „Prawo i zarządzanie w systemie oświaty” porozumienie podpisały Rektor dr Justyna Żylińska oraz Dyrektor Katarzyna Wyszyńska.